Program Pascasarjana Magister Sistem Komputer (S2) adalah satu-satunya yang ada di Indonesia Timur dan satu-satunya di Indonesia untuk Magister Jurusan Sistem Komputer. Izin Penyelenggaraan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor : 126/E/O/2013 Tanggal 18 April 2013. Lulusan Program Pascasarjana Komputer ini akan mendapat gelar M.Kom (Magister Komputer).
